การตัดสินใจลงทุนในโครงการต่างๆ ผู้บริหารองค์กรส่วนใหญ่จะพิจารณาถึงความสอดคล้องและคุ้มค่าของผลลัพธ์ต่อทรัพยากรที่จะต้องใช้ลงทุน การลงทุนในงานวิจัยก็เช่นเดียวกัน แม้ว่าวัตถุประสงค์และผลลัพธ์ของงานวิจัยบางโครงการอาจจะเน้นคุณค่าเชิงสังคม (social benefits) มากกว่าคุณค่าโดยตรงเชิงพานิชย์ (financial benefits) ก็ตาม นอกจากนี้งานวิจัยบางโครงการอาจจะต้องใช้ระยะเวลานานหลังจากเสร็จสิ้นงานวิจัยกว่าจะเห็นผลกระทบที่สะท้อนถึงคุณค่าของงานวิจัย
เนื่องจากวัตถุประสงค์และรูปแบบงานวิจัยมีความหลากหลาย จึงมีความจำเป็นอย่างยิ่งที่องค์กรหรือหน่วยงานที่รับผิดชอบต้องพิจารณาถึงกรอบแนวคิดการประเมินความคุ้มค่าของงานวิจัยให้มีความเหมาะสมและมีประสิทธิภาพ หลักการวิเคราะห์ต้นทุน – ผลประโยชน์ ได้ถูกพัฒนาขึ้นครั้งแรกโดย Jules Dupuit วิศวกรชาวฝรั่งเศส เมื่อประมาณกลางศตวรรษที่ 19 เพื่อใช้เป็นเครี่องมือช่วยการตัดสินใจ ต่อมา Alfred Mashall นักเศรษฐศาสตร์ชาวอังกฤษได้พัฒนาทฤษฎีเศรษฐศาสตร์จุลภาคให้ชัดเจนแหลมคมยิ่งขึ้น แบบจำลองตลาดของ Mashall ได้ถูกนำมาใช้เป็นพื้นฐานสำคัญของการวิเคราะห์ต้นทุน – ผลประโยชน์ในเวลาต่อมา หัวใจสำคัญในการวิเคราะห์ต้นทุน – ผลประโยชน์สรุปได้ดังต่อไปนี้
1. ต้องแจกแจงทางเลือกที่มีอยู่และผู้มีส่วนได้ส่วนเสียจากผลการตัดใจสินใจอย่างครบถ้วน
หัวใจของการวิเคราะห์ต้นทุน – ผลประโยชน์ คือการ ‘เปรียบเทียบ’ ผลลัพธ์จากการตัดสินใจจากแบบต่างๆ การเปรียบเทียบดังกล่าวจะสมบูรณ์และยุติธรรมก็ต่อเมื่อผู้ตัดสินใจได้แจกแจงทางเลือกสำคัญๆ และระบุถึงผู้มีส่วนได้ส่วนเสียจากการตัดสินใจ อย่างชัดเจนและครบถ้วน
ยกตัวอย่างเช่น รัฐบาลอาจต้องตัดสินใจเกี่ยวกับการบังคับใช้กฎหมายจำกัดเสียงเครื่องบินที่บินเข้าออกจากสนามบิน ในกรณีนี้ ทางเลือกสำคัญๆ อาจแจกแจงได้สามทาง คือ 1.บังคับใช้กฎหมายทันที 2. รออีกห้าปีจึงบังคับใช้ หรือ 3.ไม่บังคับใช้เลย สำหรับผู้มีส่วนได้ส่วนเสียจากผลการตัดสินใจย่อมรวมถึง สายการบิน ผู้เดินทาง ประชาชนที่อาศัยใกล้สนามบิน ฯลฯ
2. ต้นทุนและประโยชน์ต้องวัดจากพฤติกรรม(ในตลาด) และใช้หน่วยวัดเดียวกัน
ประโยชน์จากการได้อยู่อาศัยในบ้านที่ปลอดเสียงเครื่องบินสามารถตีเป็นมูลค่าได้เท่าไร นักเศรษฐศาสตร์เชื่อว่าพฤติกรรมของผู้ซื้อ – ผู้ขายในตลาดเป็นมาตรวัดที่น่าเชื่อถือที่สุดในการตอบคำถามนี้ จากข้อมูลทางสถิติ ถ้าบ้านสองหลังมีลักษณะคล้ายคลึงกันในทุกมิติ (อายุ ขนาดที่ดิน พี้นที่ใช้สอย แบบ ระยะทางจากถนน โรงพยาบาล ห้างสรรพสินค้า ฯลฯ) ต่างกันก็แต่เพียงว่าหลังหนึ่งมีเสียงดังจากเครื่องบินขึ้น-ลงและอีกหลังหนึ่งไม่มี ผลต่างของราคาตลาดของบ้านสองหลังนี้ ถือเป็นมาตรวัด ‘ประโยชน์’ (เป็นตัวเงิน) จากการลดมลภาวะทางเสียงที่นักเศรษฐศาสตร์เชื่อถือและไว้วางใจ สำหรับต้นทุนในการลดเสียง (เป็นตัวเงินเช่นกัน) นั้น ผู้วิเคราะห์จำเป็นต้องศึกษาค่าใช้จ่ายของสายการบินที่เพิ่มขึ้นเพื่อปรับแต่งเครื่องบินให้มีระดับเสียงไม่เกินมาตรฐานที่กฏหมายกำหนด
3. ต้นทุนและประโยชน์ที่ได้รับในวันนี้ มีน้ำหนักมากกว่าต้นทุนและประโยชน์ในอนาคต
ในการคำนวณต้นทุนและประโยชน์เป็นตัวเงิน นักเศรษฐศาสตร์จะสมมติส่วนลดเพื่อสะท้อนความจริงที่ว่าประโยชน์ที่ได้รับในปัจจุบันย่อมมีน้ำหนักมากกว่าประโยชน์ที่ต้องรอรับในวันหน้า ในทำนองเดียวกัน ต้นทุนที่ต้องจ่ายในวันนี้ย่อมแพงกว่าต้นทุนปริมาณเดียวกันที่ผลัดไว้จ่ายในวันหน้าได้
หลักในการตัดสินใจโดยการวิเคราะห์ต้นทุน – ผลประโยชน์ คือการเลือกทางเลือกที่มีผลประโยชน์สุทธิ (คือประโยชน์ทั้งหมดที่ประเมินเป็นตัวเงินแล้ว ลบด้วยต้นทุนทั้งหมดที่ประเมินเป็นตัวเงินแล้ว) สูงที่สุด ทั้งนี้ก่อนการตัดสินใจขั้นสุดท้าย ผู้วิเคราะห์มักตรวจสอบถึงความอ่อนไหวของผลสรุปที่มีต่อสมมติฐานต่างๆ ที่ใช้ในการประมาณต้นทุน และผลประโยชน์ในขั้นตอนต่างๆ ด้วย