ขั้นตอนที่ 4.การประเมินการทำงานของระบบนวัตกรรมและการตั้งค่าเป้าหมายของกระบวนการ โดยพื้นฐานของการประเมินจากพิจารณาจากรายละเอียดที่อยู่ในขั้นตอนของการพัฒนา การดำเนินการ และการเปรียบเทียบกับระบบจากแหล่งอื่นที่มีรูปแบบหรือมาตรฐานในระดับเดียวกัน อาทิเช่น ระบบนวัตกรรมของอุตสาหกรรมเดียวกันจากประเทศที่มีความเจริญทางเศรษฐกิจที่ใกล้เคียงกัน เป็นต้น ทั้งนี้ ทั้งสองวิธีสามารถสะท้อนปัญหาหรือจุดอ่อนได้จากมุมมองที่แตกต่างกัน จึงควรนำมาใช้ร่วมกันเพื่อการตั้งค่าเป้าหมายและประเมินการทำงานของระบบ 5.การกำหนดและสร้างแรงจูงใจที่มีต่อความเชื่อมั่นในการพัฒนาศักยภาพ และนโยบายสำหรับการวิจัยและพัฒนา รวมทั้งการวิเคราะห์หาปัจจัยที่ปิดกั้นโอกาส เพื่อนำไปสู่การปรับปรุงนโยบายต่อไป
ที่มา: (Bergek et al.,2008)
ระบบนวัตกรรมเป็นองค์ประกอบสำคัญในเชิงกลยุทธ์เพื่อเพิ่มสมรรถนะและความสามารถทางการแข่งขันแก่องค์กรโดยมีเทคโนโลยีเป็นตัวขับเคลื่อนที่สำคัญ ระบบนวัตกรรมในระดับอุตสาหกรรมเป็นกลไกที่ช่วยให้เกิดการถ่ายทอดองค์ความรู้ด้วยกิจกรรมต่างๆ เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและยกระดับการดำเนินงานแก่อุตสาหกรรม เช่นเดียวกันกับระบบนวัตกรรมในระดับประเทศที่มีขอบเขตของการพัฒนาขีดความสามารถด้วยนวัตกรรมในทุคภาคส่วนของประเทศ สิ่งที่คล้ายคลึงกันของระบบนวัตกรรมในทุกระดับ คือ โครงสร้างของระบบที่จะต้องประกอบด้วยองค์กรที่มีส่วนร่วม กิจกรรมที่เชื่อมโยงกันระหว่างองค์กรซึ่งจะทำให้เกิดเป็นเครือข่าย องค์ความรู้ที่เป็นพลวัตอยู่ภายในระบบ ทั้งสามสิ่งนี้เป็นส่วนสำคัญที่ช่วยพัฒนาระบบในระดับที่กำลังพิจารณาไปสู่เศรษฐกิจบนฐานความรู้ (Knowledge-based economy) ในอนาคต