การประยุกต์แนวคิดการวางแผนพอร์ตโฟลิโอมาใช้ในกระบวนการจัดทำแผนที่นำทางด้วยแนวคิดแบบ Mission-driven นั้น สืบเนื่องมาจากการจัดทำแผนที่นำทางในระดับหน่วยงาน อาจเกิดความซ้ำซ้อนของการใช้ทรัพยากรและไม่สอดคล้องกับแนวทางขององค์กร หรือไม่เป็นไปในทิศทางเดียวกัน จึงเกิดแนวคิดเพื่อบูรณาการการวางแผนพอร์ตโฟลิโอเข้ากับกระบวนการจัดทำแผนที่นำทาง ซึ่งจะช่วยให้สามารถระบุถึงความท้าทายและโอกาสในการส่งมอบผลงานออกสู่ตลาดเพื่อตอบสนองต่อความคาดหวังในระยะสั้นหรือพันธกิจร่วม (Shared Mission) ขณะเดียวกัน ก็ยังคงรักษาศักยภาพหรือสร้างขีดความสามารถเพิ่มเติม (Capability Building) ของแต่ละหน่วยงาน เพื่อมุ่งสู่ความต้องการในระยะยาวตามที่ระบุไว้ในพันธกิจขององค์กร
การนำแนวคิดการบริหารจัดการพอร์โฟลิโอมาใช้ จะต้องพิจารณาถึง สมรรถนะหลักขององค์กรที่สอดคล้องกับพันธกิจ รวมไปถึงกิจกรรมหรือโครงการที่ส่งเสริมยุทธศาสตร์ที่ต้องอาศัยสมรรถนะหลักดังกล่าว และสมรรถนะของแต่ละหน่วยงาน ก็เพื่อให้เกิดการบริหารจัดการได้อย่างเป็นองค์รวมทั้งในด้านความร่วมมือระหว่างหน่วยงาน ตลอดจนงบประมาณที่มีอยู่อย่างมีประสิทธิภาพ
โดยมีความท้าทายสำคัญประเด็นแรก คือ การพิจารณาถึงสมรรถนะหลักขององค์กรที่สอดคล้องกับพันธกิจซึ่งเป็นสมรรถนะหลักร่วมของแต่ละหน่วยงาน ในการสร้างความร่วมมือเพื่อดำเนินกิจกรรมหรือโครงการร่วมกัน การร่วมแบ่งปันและแลกเปลี่ยนความคิดเห็นถึงเป้าหมาย แนวทาง และผลลัพธ์ที่สามารถส่งมอบต่อถึงกันระหว่างหน่วยงานที่รับผิดชอบ ตลอดจนผู้ปฏิบัติงาน ซึ่งจะต้องทราบถึงหน้าที่ความผิดชอบและยอมรับในบทบาทซึ่งกันและกัน
และความท้ายทายสำคัญในอีกประเด็นหนึ่ง ได้แก่ การบรรลุถึงพันธกิจขององค์กร ซึ่งต้องคำนึงถึงการกำหนดเป้าหมายของการพัฒนาอย่างชัดเจน มีความถูกต้องเหมาะสมในการกำหนดบทบาทหน้าที่และผู้ปฏิบัติงาน มีการบริหารจัดการโครงการตลอดจนการตรวจสอบอย่างเป็นระบบแลมีประสิทธิภาพตลอดกระบวนการทำงานตั้งแต่เริ่มต้นจนกระทั้งสิ้นสุดโครงการ